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1、化学结构的区别
ASO是单链 ，而siRNA是双链。
2、作用机造的区别
ASO或通过RNase H降解靶mRNA ，或通过空间位阻滋扰mRNA职能 ，siRNA则重要通过RISC复合体降解mRNA。
3、阐扬药效的细胞空间
RNase H在胞质和胞核中均有散布 ，因而ASO能够在胞质和胞核中阐扬作用。然而 ，RISC仅存在于胞质中 ，故siRNA仅在胞质中阐扬作用。
4、药效作用悠久性以及是否能够放大
RISC可反复作用于靶标mRNA ，因而siRNA的药效更为悠久。
此表 ，siRNA的正义链在被开释或降解后 ，可作为引物 ，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下 ，以靶mRNA为模板扩增得到dsRNA。dsRNA随后被Dicer降解成新的siRNA ，进入RNA滋扰循环 ，从而实现药物成效的级联放大。
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